Абсолютной ясности в вопросе о происхождении рыб до сих пор нет. 2

Большинство учёных-палеозоологов полагает, что предшественниками рыб являются разнощитковые бесчелюстные (из класса Птераспидоморфы), появившиеся на границе ордовикского и силурийского периодов, то есть примерно 445 млн лет тому назад. 2

Предком рыб учёные считают примитивное бесчерепное животное — Acrania, не очень напоминавшее рыбу. 3 У него, вероятно, не было ни парных плавников, ни настоящей головы и мозга, ни развитых органов чувств, ни зубов, ни челюстей, ни многого другого, свойственного современным рыбам. 3

Хрящевые рыбы появились на рубеже силура и девона около 420 млн лет назад. 1 Костные рыбы возникли в конце силура-начале девона около 416 млн лет назад. 5

Становление класса хрящевых обычно связывают с обитанием их ближайших предков в стоячих пресноводных водоёмах (озерного типа). 2 Позже потомки первых хрящевых переселились в моря. 2 Формирование класса костных рыб учёные связывают с проточными водоёмами, где течение рассматривается как важный эволюционный фактор. 2