Практическое применение чистых линий в научных исследованиях заключается в следующем:

• Повышение воспроизводимости результатов. 1 Генетическая однородность используемых учёных организмов снижает вероятность воздействия на результат исследования генетических различий между особями (например, в контрольной и опытной группе). 1
• Идентификация генов интересующего признака. 4 Выведенные чистые линии обеспечивают постоянные популяции, позволяющие проводить фенотипирование признаков одних и тех же генотипов в разное время и при различных условиях окружающей среды. 4
• Получение чистых линий с заданными свойствами. 1 С помощью традиционной селекции и методов генной инженерии получено множество чистых линий с заданными свойствами (например, повышенной склонностью к потреблению алкоголя, высокими уровнем заболеваемости разными формами рака и т. п.), используемые для конкретных исследований. 1