Определение числа кодонов и изучение их свойств в молекулярной биологии имеют практическое применение, например:

• Анализ экспрессии генов. 12 Вариации использования кодонов в пределах одного генома могут быть важным источником информации об уровнях экспрессии генов. 2
• Обнаружение отклонений в генетическом коде организма. 4 Для этого находят в геноме очень консервативные гены и сравнивают их кодоны с соответствующими аминокислотами гомологичных белков близкородственных организмов. 4
• Прогнозирование предполагаемых высокоэкспрессируемых генов. 2 Если одним из основных источников предпочтения кодонов в конкретном геноме является трансляционный отбор, то использование кодонов может быть использовано для такого прогнозирования. 2
• Предсказание предполагаемых чужеродных генов. 2 На основе анализа использования кодонов можно предсказать вставку чужеродной ДНК посредством горизонтального переноса генов. 2
• Оценка скорости молекулярной эволюции. 1 Индекс адаптации кодонов (CAI) может использоваться для такой оценки, а также как мера адаптации использования кодонов в процессе эволюции. 1