Деление простейших организмов имеет практическое применение в научных исследованиях, например:

• Изучение фундаментальных биологических процессов. 4 Простейшие используются для исследования изменчивости и наследственности, разработки проблем экологии и других аспектов. 5
• Выявление чувствительных тест-объектов. 2 Простейших применяют для определения токсичности некоторых веществ в химической промышленности и медицине. 2
• Биоиндикация степени органического загрязнения водоёмов. 1 Многие виды простейших тонко реагируют на содержание органики в воде. 1 По составу видов простейших можно судить о загрязнении водоёмов. 1
• Использование в биологической очистке. 2 Простейших применяют для очистки промышленных и сточных вод. 2
• Применение в биотехнологии. 2 Некоторые простейшие используются как источники биологически активных веществ. 2 Например, простейшие, обитающие в рубце жвачных животных, могут быть источником ценного фермента целлулазы. 2