Некоторые аргументы, которые могут использоваться против атомизма Демокрита в наше время:

• Отрицание механистического понимания целого как совокупности. 1 Современной физике известен «системный эффект», когда материальный объект как целое в рамках системы обладает свойствами, которых нет у его составных частей (так называемые эмерджентные свойства). 1
• Утверждение, что существуют более фундаментальные неделимые элементы реальности. 1 Например, планковские единицы измерения, которые не являются атомами, а представляют собой нечто более глубокое. 1
• Критика положения о неделимости атомов. 3 Можно аргументировать, что если атом — протяжённое тело, расположенное в пространстве и соединённое с другими атомами, то он не может быть неделимым. 3

Также можно ссылаться на современные научные представления о атомах, которые не являются теми, что назывались так в античности, а представляют собой элементарные частицы (электрон, протон, нейтрон, мезон). 2