Отбор журналов в список PubMed происходит через две базы данных: MEDLINE и PubMed Central (PMC). 24

Для включения в MEDLINE журналы проходят тщательную проверку на предмет качества используемой литературы, содержания, объёма, доступности статей на иностранных языках, рецензирования. 3 Издатели отправляют электронные метаданные напрямую в NLM, после чего сотрудники библиотеки вручную индексируют поступающие элементы — проверяют ошибки и присваивают Medical Subject Headings (MeSH). 3

Для включения в PMC журналы должны соответствовать определённым требованиям, например:

• у издателя должна быть двухлетняя история качественных научных публикаций в областях биомедицины или наук о жизни; 4
• у журнала должен быть зарегистрированный ISSN; 4
• журнал должен опубликовать не менее 25 рецензируемых статей; 4
• журнал должен соответствовать языковым рекомендациям PMC. 4

После получения заявки NLM проводит первоначальный скрининг на соответствие обязательным требованиям. 4 Если заявка не проходит на этом этапе, можно подать её снова только через 2 года. 4 После первичного скрининга заявка переходит на этап оценки научного качества, где PMC оценивает информацию о журнале, политику и содержание. 4 Если журнал проходит эти оценки, он переходит на этап технической оценки. 4 На этом этапе нужно заполнить чек-лист технической оценки и подать набор образцов файлов для 25 статей. 4

Если журнал проходит все оценки, он становится доступным для поиска в PubMed. 4