Обратная транскрипция в геноме вирусов осуществляется следующим образом: 2

1. После попадания вирусной РНК в клетку обратная транскриптаза, содержащаяся в вирусных частицах, синтезирует комплементарную ей ДНК. 3
2. У вирусов функцию затравки (праймера) выполняют транспортные РНК (тРНК) разной аминокислотной специфичности, попадающие в вирион из клетки-хозяина и взаимодействующие с вирусной РНК по принципу комплементарности. 2
3. После образования комплекса РНК–тРНК в присутствии богатых энергией дезоксинуклеотидтрифосфатов и ионов Mg2+ или Mn2+ РНК транскрибируется с образованием так называемой минус-цепи ДНК (комплементарной ДНК, или кДНК). 2
4. После образования гибрида РНК–ДНК обратная транскриптаза расщепляет геномную РНК и синтезирует плюс-цепь ДНК, используя в качестве матрицы минус-цепь. 2
5. В итоге образуется двунитевая молекула ДНК, которая в ядре заражённых клеток переходит в кольцевую сверхспирализованную форму, а затем встраивается в геном клетки-хозяина. 2

Геном вируса, переведённый в форму двухцепочечной ДНК, встраивается в геном клетки с помощью специального фермента интегразы, которая вносит двунитевой разрыв в ДНК хозяина и вставляет туда ДНК вируса. 4