Для выживания в неблагоприятных условиях саркожгутиковые используют следующие защитные механизмы:

• Образование цист. 12 При наступлении неблагоприятных условий саркожгутиковые перестают питаться, их тело становится округлым, а на поверхности выделяется плотная защитная оболочка — образуется циста. 2 В состоянии цисты они переносят неблагоприятные условия: зимние холода, пересыхание водоёмов. 2 Цисты обеспечивают выживаемость вида, а также расселение, так как могут переноситься течениями или ветром на большие расстояния. 2
• Наличие ядерной оболочки. 1 Она защищает генетический материал саркожгутиковых, так как условия их подвижности достаточно интенсивные. 3
• Использование сократительной вакуоли. 24 Она поддерживает постоянство осмотического давления внутри клетки, выбрасывая лишнюю жидкость наружу. 24