Некоторые загадки, которые остаются в изучении квазаров, несмотря на десятилетия исследований:

• Переменность квазаров. 4 Учёные не могут объяснить, как квазары меняют собственную яркость с такой частотой, которая невозможна для обычных галактик. 4 Светимость квазаров может измениться в течение года, месяца или даже недели. 4
• Формирование и эволюция квазаров. 3 По-прежнему неразгаданными остаются эти процессы. 3
• Несоответствие модели квазаров известному возрасту Вселенной. 1 Квазары обнаружены на расстояниях около 15 миллиардов световых лет, что предполагает, что они были наиболее ранними объектами во Вселенной. 1 Однако для образования чёрной дыры требуется коллапс звезды, которая перед этим миллиарды лет проживает полный цикл существования. 1
• Несоответствие модели квазаров химическому составу Вселенной на ранних стадиях её развития. 1 В спектрах квазаров есть линии излучения всех химических элементов, но они синтезированы при термоядерных реакциях в недрах звёзд, а сначала во Вселенной был только водород. 1
• Несоответствие модели квазаров известным фактам теории относительности. 1 Например, неясно, почему векторы скорости всех квазаров направлены именно от Земли, и никакие квазары не извергаются из галактик по направлению к Земле. 1