Некоторые виды животных, которые вымерли в кайнозойскую эру:

• Млекопитающие: астрапотерии, броненосцы, грызуны, китообразные, кондиляртры, креодонты, литоптерны, мезонихии, непарнокопытные, неполнозубые, нотоунгуляты, парнокопытные, приматы, сирены, сумчатые саблезубые, хоботные, хищные, эмбриоподы, цимолесты. 1 Например, пещерный медведь, пещерный лев, смилодон, эпицион. 1
• Пресмыкающиеся: архозавры, змеи, черепахи, ящерицы. 1 Например, пурусзавр, титанобоа, вонамби, мегалания. 1
• Птицы: гасторнис, дроморнис, келенкен, титанис, фороракос. 1
• Рыбы: мегалодон. 1

Также в кайнозойскую эру исчезли, например, римазух — вымерший род крокодилов из неогенового периода Африки и Ближнего Востока, австралопитеки — род ископаемых высших приматов, кипрский карликовый слон, большерогий олень, балеарский козёл. 4