Выделяют два основных типа клубеньков у бобовых растений: 2

1. Детерминированные. 2 Встречаются у определённых таксонов тропических бобовых, например у сои, бобов и вигны, а также у некоторых лотосов. 2 Такие клубеньки утрачивают меристематическую активность вскоре после образования, поэтому рост обусловлен лишь увеличением размеров клеток. 2 В результате образуются зрелые клубеньки шаровидной формы. 2
2. Индетерминированные. 2 Встречаются в большинстве бобовых всех трёх подсемейств как в тропиках, так и в умеренных широтах. 2 Такие клубеньки получили название «недетерминированных» из-за того, что их апикальная меристема активна, что приводит к росту клубенька на протяжении всей его жизни. 2 В результате чего формируется клубенёк, имеющий цилиндрическую, иногда разветвлённую форму. 2

Форма и размер клубеньков, а также их расположение на корнях зависят как от активности бактерий, так и от растений, на которых они поселяются. 4 Например, у гороха, клевера и вики клубеньки образуются в виде небольших округлых вздутий у места разветвления корней и на корневых мочках, а у люпина, фасоли, нута и других они имеют вид крупных бородавчатых наростов толщиной в несколько сантиметров. 4