В пресной воде обитают различные виды грибов, среди них:

• Оомицеты — одноклеточные и многоклеточные грибы, по строению сходные с некоторыми настоящими грибами. 2
• Аскомицеты — большая группа грибов, в которой испанские учёные обнаружили новые виды, обитающие в пресных водоёмах и способные вызывать заболевания у людей и животных. 3 Некоторые представители: Vibrissea truncorum и Cudoniella clavus. 5
• Базидиомицеты — в бесполой стадии могут обитать в воде. 5 Например, Gloiocephala aquatica. 5

Также в водоёмах встречаются виды, которые способны развиваться как в водной среде, так и на суше — это водно-наземные и водно-воздушные грибы. 4

Точного списка всех видов грибов, обитающих в пресных водоёмах, нет, так как такие местообитания изучены недостаточно. 1