Некоторые виды бактерий, которые невозможно дифференцировать с помощью метода Грама:

• Микоплазмы. 1 У них нет клеточной стенки. 1
• Спирохеты. 1 Их клеточная стенка тонкая и легко разрушается при окрашивании. 1
• Кислотоустойчивые бактерии. 1 Например, виды Mycobacterium или Nocardia. 1 Их клеточная стенка содержит большое количество липидов и восков, которые делают её устойчивой к обесцвечиванию кислотами, щелочами или этанолом. 1 Для их окраски применяют метод Циля-Нильсена. 1

Также к исключениям относятся плохо окрашивающиеся Leptospira, не окрашивающиеся Treponema, L-формы бактерий, у которых отсутствует клеточная стенка, а также очень мелкие внутриклеточные паразиты Chlamidia и Rickettsia. 2