В научном сообществе существуют разные версии происхождения озера Светлояр. 1 Вот некоторые из них:

• Ледниковая гипотеза. 1 По ней, озеро образовалось в результате таяния подземных ледяных тел после ледникового периода. 3
• Карстовая гипотеза. 14 Однако карстующиеся породы находятся слишком глубоко под озером, чтобы служить причиной его образования. 4
• Метеоритная гипотеза. 14 В пользу неё свидетельствуют правильная форма, глубина, геологическая структура окружающих холмов, стратиграфия донных отложений, многочисленные фрагменты оплавленных пород. 1

По одной из версий, предложенной учёным из Мининского университета Андреем Асташиным, Светлояр образовался около 9 тысяч лет назад в результате потепления после ледникового периода. 25 Растаявшие подземные ледяные ядра оставили после себя впадины, которые заполнились водой и образовали термокарстовое озеро. 3