Некоторые уникальные особенности строения глаукофитовых водорослей:

• Хлоропласты (цианеллы). 24 Они имеют округлую или эллипсоидную форму, окружены двумя мембранами, между которыми расположен слой муреина (пептидогликана). 4 Тилакоиды не собраны в граны, они одиночные и лежат равноудалённо. 1 ДНК хлоропласта сконцентрирована в его центре, где также находятся карбоксисомы. 1
• Оболочка клеток. 1 Она состоит из плазмалеммы, под которой расположены уплощённые везикулы, или альвеолы, и микротрубочки. 1 Также у некоторых колониальных форм в клеточной стенке может присутствовать целлюлоза. 1
• Запасной продукт. 1 Крахмал накапливается в цитоплазме, что отличает глаукофитовые водоросли от других групп, у которых запасной продукт накапливается в пластидах. 1