Стандарт среднеазиатской овчарки допускает любой окрас, кроме генетического голубого, генетического коричневого в любых сочетаниях и чепрачного. 2

При определении окраса необходимо ориентироваться в первую очередь на цвет мочки носа и обводок век. 2 Так, у чёрных собак старая шерсть (перед началом линьки) может приобретать выраженный коричневый или красно-бурый цвет, но во всех этих случаях мочка носа и обводки век остаются интенсивно чёрными. 2

Некоторые другие требования к окрасу:

• При белом окрасе обязательно должна быть тёмная мочка носа, чтобы не допустить в разведение возможных альбиносов. 3
• Ослабление окраски шерсти до нежно-кремовых, голубовато-серых оттенков является существенным недостатком, а если ослабление сильно выражено (до едва заметных кремовых или серых, как бы «выцветших», оттенков) — то пороком. 1
• При любом окрасе недопустимы прокрашенные потёки под глазами, вокруг глаз и в углах рта. 1