Некоторые типы взаимодействия альтернативных (аллельных) генов:

• Полное доминирование. 24 Один аллель гена (доминантный) полностью скрывает присутствие другого (рецессивного). 3 Пример: А — карие глаза, а — голубые глаза, человек с генотипом Аа имеет карие глаза. 3
• Неполное доминирование. 14 Доминантный аллель не до конца подавляет рецессивный. 4 В результате гетерозигота (Аа) имеет промежуточный фенотип между фенотипом доминантной (АА) и рецессивной (аа) гомозигот. 4 Пример: при скрещивании гомозиготных растений с красными (АА) и белыми (аа) цветками у гибридов первого поколения цветки оказываются розовыми (Аа). 3
• Кодоминирование. 12 В фенотипе проявляются оба аллельных гена и развиваются оба признака. 2 То есть получается не усреднённый вариант родительских признаков, а новый, который отличается от обеих гомозигот. 2 Пример: четвёртая группа крови системы (АВ0) у человека. 2
• Сверхдоминирование. 24 При этом типе взаимодействия аллельных генов доминантный признак в гетерозиготном состоянии проявляется намного сильнее, чем в гомозиготном. 4
• Аллельное исключение. 2 Это отсутствие или инактивация одного аллельного гена из пары. 2 При этом признак может проявляться по-разному в разных клетках одного и того же организма. 2

Также существует взаимодействие неаллельных генов, которое включает, например, эпистаз, когда один ген подавляет действие гена из другой (неаллельной) пары, или полимерию, когда один и тот же признак зависит от нескольких пар неаллельных генов, обладающих схожим действием. 4