Одна из теорий о происхождении эпифиза у человека и других животных предполагает, что у предков позвоночных эпифиз образовался и функционировал как орган зрения. 2 У круглоротых, рыб, земноводных и рептилий эпифиз лежит на поверхности, имеет сетчатку и обладает световой чувствительностью, помогая животному ориентироваться в пространстве в зависимости от освещённости. 2

Согласно другой теории, во время эмбрионального развития теменной глаз и шишковидный орган современных ящериц и туатар образуются вместе из кармана, образованного в эктодерме головного мозга. 1 Потеря теменных глаз у многих ныне живущих четвероногих поддерживается формированием в процессе развития парной структуры, которая впоследствии сливается в единую шишковидную железу у развивающихся эмбрионов черепах, змей, птиц и млекопитающих. 1

Также существует гипотеза, что раньше терморегуляция была развита хуже и необходимо было очень внимательно отслеживать освещённость, прятаться от солнца, поэтому теменной глаз был необходим, но с развитием систем терморегуляции потребность в нём постепенно отпала. 3

Однозначного вывода о происхождении эпифиза пока нет, и существуют различные теории на этот счёт. 3