Какие существуют типы матриц замен при сравнении нуклеотидных последовательностей?

Некоторые типы матриц замен, которые используются при сравнении нуклеотидных последовательностей:

• Параметрические модели замен. ru.wikipedia.org В таких моделях вероятность замен определяется как функция от ряда параметров, которые оцениваются для каждого набора изучаемых данных (как правило, методом максимального правдоподобия). ru.wikipedia.org Например, модели из семейства GTR (General Time-Reversible). ru.wikipedia.org
• Эмпирические матрицы замен. ru.wikipedia.org Получены на основе статистического анализа частот наблюдаемых замен в наборах консервативных белковых доменов разной степени эволюционной дивергенции. ru.wikipedia.org К таким матрицам относятся BLOSUM, PAM, WAG, JTT. ru.wikipedia.org
• Специализированные матрицы замещения. en.wikipedia.org Разработаны для конкретного структурного контекста или последовательности, в котором находится аминокислота. en.wikipedia.org

Также существуют симметричные и несимметричные матрицы. is.ifmo.ru Обычно используется симметричная матрица, но несимметричная позволяет различать замены в одну и в другую сторону. is.ifmo.ru