Некоторые типы матриц замен, которые используются при сравнении нуклеотидных последовательностей:

• Параметрические модели замен. 4 В таких моделях вероятность замен определяется как функция от ряда параметров, которые оцениваются для каждого набора изучаемых данных (как правило, методом максимального правдоподобия). 4 Например, модели из семейства GTR (General Time-Reversible). 4
• Эмпирические матрицы замен. 4 Получены на основе статистического анализа частот наблюдаемых замен в наборах консервативных белковых доменов разной степени эволюционной дивергенции. 4 К таким матрицам относятся BLOSUM, PAM, WAG, JTT. 4
• Специализированные матрицы замещения. 1 Разработаны для конкретного структурного контекста или последовательности, в котором находится аминокислота. 1

Также существуют симметричные и несимметричные матрицы. 5 Обычно используется симметричная матрица, но несимметричная позволяет различать замены в одну и в другую сторону. 5