Некоторые способы моделирования молекул органических соединений:

• Шаростержневые модели (модели Кекуле). 13 Конструируются из шариков, символизирующих отдельные атомы, расположенных друг от друга на некотором расстоянии и скреплённых друг с другом стержнями, имитирующими химическую связь. 1
• Скелетные модели (модели Дрейдинга). 1 Правильно отражают межатомные расстояния и валентные углы в молекулах. 1 Модели Дрейдинга состоят из трубок и сплошных стержней, соединённых в точке, соответствующей ядру атома, под углами, равными валентным. 1
• Полусферические модели (модели Стюарта-Бриглеба). 1 Используются для отражения взаимного расположения атомов, эффективных размеров атомов в масштабах, пропорциональных реальным, и валентных углов. 1

Также существует компьютерное молекулярное моделирование, при котором расчёты простейших систем выполняются как вручную, так и с применением компьютерных методов расчёта и визуализации. 24