Один из способов фиксации атмосферного азота клубеньковыми бактериями — механизм симбиотической защиты. 12 В корнях бобовых продуцируется леггемоглобин, который выполняет функцию защиты от избытка кислорода. 1 Бактерии-симбионты получают этот элемент в концентрации, безопасной для их нитрогеназы: кислород не накапливается в больших количествах, однако его достаточно для обеспечения дыхательного метаболизма бактерий. 1

Преобразование атмосферного азота в аммиак у клубеньковых бактерий происходит с помощью фермента нитрогеназы. 3 В нитрогеназу входят два белка, один из которых содержит молибден и железо, другой — железо. 3 Поэтому два этих микроэлемента крайне важны в процессе азотфиксации. 3 Также для нормального протекания азотфиксации требуется достаточное количество серы, кальция, фосфора, магния, калия и других микроэлементов. 3