В связи с бурным развитием методов ДНК-анализа современная система классификации простейших постоянно меняется. 2

Некоторые типы простейших, которые выделяются по характерным органоидам движения или их отсутствию, а также некоторым другим признакам: 2

• Саркомастигофоры. 2 Органоиды движения — жгутики или/и ложноножки. 2
• Инфузории. 2 Органоиды движения — реснички. 2 В клетке есть ядра двух типов — большие (вегетативные) и маленькие (генеративные). 2 Половой процесс — конъюгация. 2
• Споровики. 2 Органоидов движения нет. 2 Исключительно паразиты. 2

В основу подразделения простейших на типы положены принципы строения их ядерного аппарата, органелл движения, ряда микроструктур, типов размножения и жизненных циклов. 4