Некоторые современные гипотезы происхождения вторичноротых:
Однако исследования, проведённые в 2016 году с помощью транскриптомного анализа, показали, что вторичноротые и первичноротые вместе произошли от примитивных двусторонне-симметричных животных. 24
Также существует гипотеза, согласно которой предком и первичноротых, и вторичноротых была гастрея — двуслойное существо с внутренней полостью, покрытое снаружи ресничками и плававшее в толще воды. 1