Некоторые проблемы, которые возникают при определении видов бесполых организмов:

• Неприменимость биологической концепции вида. 14 К формам без полового процесса нельзя применить репродуктивный критерий, поэтому они выходят за рамки этой концепции. 1
• Непрерывная внутривидовая изменчивость. 1 У агамных видов потока генов нет, а внутривидовая изменчивость по полигенным признакам непрерывна. 1
• Быстрые жизненные циклы. 2 Например, у бактерий, из-за чего эволюционные изменения могут происходить быстро. 2
• Горизонтальный перенос генов. 2 Он происходит при передаче ДНК от одного вида к другому, что усложняет процесс классификации. 2

Для определения видов бесполых организмов могут использоваться другие методы, например, изучение экологической и биогеографической определённости вида и сравнение по этим особенностям с видами, размножающимися половым путём. 1