Термин «дыра» в естественных науках может использоваться в разных контекстах, например:

• В астрономии — чёрная дыра, область во времени и пространстве, в которой действует настолько сильная гравитация, что даже объекты, движущиеся со скоростью света, не могут выйти за её пределы. 6
• В квантовой механике — дырка, квазичастица с положительным зарядом. 6
• В физике твёрдого тела — отсутствие электрона в валентной зоне, которая почти полностью заполнена. 6
• В геологии — «голубая дыра», так называют карстовые воронки, заполненные водой. 6

Термин «отверстие» также имеет разные значения в зависимости от области применения, например:

• В технике — полый внутренний элемент конструкции либо детали, который выходит на поверхность. 6
• В анатомии — внутренние анатомические полости. 48
• В криминалистике — искусственные полости в теле жертвы. 48
• В электротехнике — щель или отверстие в оболочке, которое существует либо может быть образовано с помощью приложения испытательного щупа с определённым усилием. 48
• В музыке — звуковое отверстие, отверстие для выхода звука в музыкальных инструментах. 14