Некоторые практические применения множественного аллелизма в селекции:

• Прогнозирование наследования признаков и вероятности появления тех или иных генотипов в потомстве. 1
• Разработка эффективных методов селекции растений и животных с заданными свойствами. 1 Например, использование разных аллелей доминантных генов позволяет манипулировать длиной вегетационного периода, что важно для сельскохозяйственной практики. 3
• Получение разнообразного исходного материала для селекции, что повышает урожайность многих культур. 3 К таким приёмам относятся внутривидовая и отдалённая гибридизация, гетерозис, мутагенез, полиплоидия, биотехнология. 3

Также понимание множественного аллелизма помогает выявлять носителей генетических заболеваний и проводить генетическое консультирование. 1