Основные методы биоиндикации:

1. Пассивная биоиндикация. 2 Исследование у свободноживущих организмов видимых или незаметных повреждений и отклонений от нормы, являющихся признаками неблагоприятного воздействия. 2
2. Активная индикация (биотестирование). 2 Исследование тех же воздействий в стандартных условиях на наиболее чувствительные к данному фактору тест-организмы. 2

Также выделяют три основных направления биоиндикации: 3

1. Анализ численности и видового разнообразия биотических сообществ (чаще используется для водных экосистем). 3
2. Анализ химического состава тканей живых организмов (используется как для наземных, так и для водных экосистем). 3
3. Анализ видимых изменений внешнего вида и функционирования живых организмов (появление пятен на листьях, уродливых побегов, потеря хвои, замедление роста и др.) (чаще используется для наземных экосистем). 3