Некоторые недостатки использования MIPS для оценки производительности процессора:

• Зависимость от набора команд процессора. 12 Одна команда в микропроцессоре одного типа может быть эквивалентна по вычислительной мощности нескольким командам другого микропроцессора. 45 Это затрудняет сравнение по MIPS компьютеров с разными системами команд. 12
• Изменение значения MIPS от программы к программе. 12 Даже на одном и том же компьютере значение MIPS может отличаться в зависимости от программы. 12
• Возможность изменения MIPS в противоположную сторону. 2 Например, программы с сопроцессором плавающей точки выполняются за меньшее время, но имеют меньший рейтинг MIPS. 2 При отсутствии сопроцессора машины имеют более высокий рейтинг MIPS, но выполняют настолько большее количество команд, что общее время выполнения значительно увеличивается. 2
• Отсутствие учёта сложности выполняемых задач и пропускной способности памяти. 3 Эти показатели также важны для производительности, но MIPS их не учитывает. 3
• Узкая специализация. 3 MIPS эффективен только для ограниченного числа приложений, не отражая общей производительности процессора. 3