Одна из научных теорий возникновения «бомбейского феномена» предполагает, что он возникает в результате редкой генетической мутации. 5 Основа развития феномена — рецессивный эпистаз: чтобы на эритроците появился агглютиноген, например А, необходимо действие ещё одного гена (H). 5 Под действием мутации этот ген меняется таким образом, что уже не может активировать синтез белка-предшественника. 5 Если в организм попадут два мутированных гена hh, то основы для создания предшественников агглютиногенов не будет, и на поверхности эритроцитов не будет ни белка А, ни В. 5

Ещё одна теория объясняет возможный механизм «бомбейского феномена»: при образовании половых клеток в одной из них остаётся двойной набор хромосом, а во второй генов, ответственных в том числе за формирование групп крови, нет. 5 Однако зародыши, образующиеся из подобных гамет, чаще всего нежизнеспособны и погибают на ранних стадиях развития. 5

Также есть предположение, что возникновение «бомбейского феномена» связано с частыми близкородственными браками, которые в этой части земного шара традиционны. 2