Некоторые методы визуализации молекул на атомном уровне:

• 2D и «2,5D» визуализаторы (редакторы). 1 Отображают связность атомов в химической структуре, не показывая расположение атомов в пространстве друг относительно друга, а также длин связей, углов между связями и расстояний между атомами. 1
• 3D-визуализаторы. 1 Изображают координаты атомов в трёхмерном пространстве, а также, опционально, связность. 1 Примеры программ: Avogadro, Gabedit, PyMOL. 1
• Атомно-силовая микроскопия (АСМ). 35 Позволяет визуализировать поверхности и манипулировать ими на атомном уровне. 5