Один из методов шифрования строк с использованием конечных автоматов — асимметричная криптосистема на их основе. 4

Процесс работы такой системы включает следующие шаги: 1

1. Инициализация. 1 Каждый автомат устанавливается в своё начальное состояние. 1
2. Обработка символа. 1 Первый автомат получает символ из входного текста. 1 На основе текущего состояния и входного символа автомат генерирует выходной символ и переходит в новое состояние. 1
3. Последовательное преобразование. 1 Выходной символ первого автомата становится входным для второго. 1 Процесс повторяется через все автоматы в цепочке. 1
4. Формирование результата. 1 Символ, выданный последним автоматом, становится результатом шифрования. 1
5. Итерация. 1 Процесс повторяется для каждого символа входного текста. 1

Также существует криптосистема, построенная с использованием ДНК-криптографии и автомата Мили. 2 В этой системе для шифрования сообщений используется сеансовый ключ, и для каждой передачи генерируется новый автомат Мили. 2 За счёт этого два похожих открытых текста преобразуются в два совершенно разных шифротекста, и наоборот — два похожих шифротекста при расшифровке преобразуются в совершенно разные открытые тексты. 2