Какие существуют методы шифрования сообщений с помощью 32-символьного алфавита?

Возможно, имелись в виду общие методы шифрования, а не специфические для 32-символьного алфавита. Некоторые из них:

• Шифрование перестановкой. www.rubinst.ru Символы шифруемого текста переставляются по определённому правилу в пределах некоторого блока этого текста. www.rubinst.ru
• Шифрование заменой (подстановкой). www.rubinst.ru Символы шифруемого текста заменяются символами того же или другого алфавита в соответствии с заранее обусловленной схемой замены. www.rubinst.ru
• Шифрование гаммированием. www.rubinst.ru intuit.ru Символы шифруемого текста складываются с символами некоторой случайной последовательности, именуемой гаммой шифра. www.rubinst.ru
• Использование кодов букв. infojournal.ru В памяти компьютера каждый символ хранится в виде двоичного числа — его кода. infojournal.ru При шифровании можно учесть, что, например, буква Г «отстоит» от буквы А на таком же «расстоянии», на каком шифрующая её буква Ь «отстоит» от буквы Я. infojournal.ru

Также существует модифицированный шифр простой замены, в котором вместо таблицы замены символов алфавита используется таблица замены символов сообщения, то есть для каждого сообщения используется своя таблица. patents.google.com