В биологии существуют следующие методы микроскопии:

• Световая (оптическая) микроскопия. 15 Наиболее известный и широко применяемый метод. 1 Позволяет исследовать микроорганизмы в проходящем свете. 5

• Темнопольная микроскопия. 3 Используется для рассматривания особо мелких структур (менее 0,2 мкм). 2 Метод основан на том, что мелкие структуры светятся в отражённых лучах. 2

• Фазово-контрастная микроскопия. 3 Позволяет увидеть прозрачные объекты более чётко, но не увеличивает разрешающей способности микроскопа. 3 Основная ценность этого метода — возможность наблюдать живые объекты без их фиксации и окрашивания. 3

• Люминесцентная (флуоресцентная) микроскопия. 3 Основана на способности ряда веществ биологического происхождения и некоторых красителей светиться под воздействием подающего на них света. 3

• Электронная микроскопия. 12 Сканирующий микроскоп создаёт эффект трёхмерности и способен охватывать большие поверхности. 2 Высоковольтный микроскоп позволяет изучать более толстые объекты. 2

• Рентгеноструктурный анализ. 2 Основан на явлении дифракции рентгеновских лучей и даёт возможность определить пространственное расположение молекул. 2 Применяется для изучения структуры белков, нуклеиновых кислот и других веществ, входящих в состав цитоплазмы и ядра клетки. 2

• Дифференциальное центрифугирование. 2 Основан на разной скорости осаждения (седиментации) отдельных частиц под действием центробежной силы. 2 Используется для разделения внутриклеточных структур. 2