Какие существуют методы криптографического кодирования данных с использованием трехзначных чисел?

Возможно, имелся в виду трёхзначный шифр, изобретённый Феликсом Деластелем и описанный в 1902 году. en.wikipedia.org

Суть метода: каждая буква зашифрованного текста зависит от трёх букв открытого текста и до трёх букв ключа. en.wikipedia.org Для шифрования используют таблицу, которая дробит каждую букву открытого текста на триграммы. en.wikipedia.org Затем составляющие триграмм смешивают, а после применяют таблицу в обратном порядке, чтобы превратить смешанные триграммы в буквы зашифрованного текста. en.wikipedia.org

Ещё один метод, основанный на использовании трёхзначных чисел, —  шифроблокнот. studopedia.ru Для шифрования используют 1000 групп по три цифры в каждой (трёхзначные числа): 000, 001, 002, 003 и так далее до 999. studopedia.ru Для простоты трёхзначные группы распределяют поровну: для шифрования каждой буквы и знаков препинания используют по 27 групп, остальные 28 — оставляют в резерве. studopedia.ru