Некоторые гипотезы происхождения археоптерикса:

• Гипотеза эволюции полёта «с деревьев долой», предложенная О. К. Маршем. 1 Археоптерикс рассматривается как полудревесное лазающее животное, следуя идее о том, что птицы произошли от планеристов, обитавших на деревьях. 1
• Гипотеза «с нуля», предложенная Сэмюэлем Уэнделлом Уиллистоном. 1 Учёные считают, что археоптерикс быстро бегал по земле, поддерживая идею о том, что птицы развили полёт благодаря бегу. 1
• Гипотеза, предложенная Герхардом Хейльманом. 35 Учёный считал, что птицы произошли от текодонтных рептилий, а не от хищных динозавров. 3 Главным аргументом стали ключицы: у текодонтов они есть, у динозавров их нет, а у археоптерикса и птиц есть: ключицы у них срослись в одну кость — вилочку. 5
• Гипотеза, предложенная Робертом Брумом. 5 Южноафриканский врач и палеонтолог полагал, что птицы и динозавры произошли от общего предка — псевдозухий. 5

Также в XIX столетии был предложен ряд других гипотез, где предками птиц видели, например, ранних млекопитающих и птерозавров. 4