Некоторые гипотезы о происхождении хордовых животных:

• Гипотеза Нильсена. 1 Согласно ей, присутствующая у хордовых система «рот — нервная пластинка — бластопор» является полным гомологом вытянутого бластопора первичноротых. 1
• Гипотеза происхождения от кишечнодышащих. 2 Это обитающие в толще грунта морские червеобразные организмы, у которых, как и у хордовых, имеются жаберные щели, а в передней части тела — опорный вырост кишечника (стомохорд), который сравнивали с хордой. 2
• Неотеническая гипотеза происхождения от личинок асцидий. 3 Взрослые асцидии — прикреплённые морские животные, которые не имеют ни хорды, ни нервной трубки. 3 Но личинки асцидий имеют эти органы, которые утрачиваются при метаморфозе. 23 На основании этого многие биологи предполагают, что хордовые произошли от ставших половозрелыми личинок асцидий. 23

Ни одна из гипотез в настоящее время не может считаться истинной, но в каждой из них содержатся отдельные элементы, которые могут оказаться полезными при реконструкции путей происхождения хордовых. 2