В процессе окислительного фосфорилирования бактерии используют различные субстраты, в зависимости от вида процесса. 15

При аэробном дыхании донорами электронов могут быть органические (у органотрофов) и неорганические (у литотрофов) соединения, а акцептором — только неорганические соединения, в том числе молекулярный кислород. 3

При анаэробном дыхании в отсутствие кислорода перенос электрона происходит на неорганические акцепторы — сульфаты, нитраты, карбонаты. 5 В качестве источника углерода и энергии сульфатвосстанавливающие бактерии используют органические кислоты, в первую очередь пируват и лактат. 1 Некоторые виды могут потреблять также сукцинат, фумарат, малат и другие органические соединения. 1