Какие способы существуют для обозначения неочевидных связей в сложноподчиненных предложениях?

Возможно, имелись в виду способы обозначения подчинительной связи в сложноподчинённых предложениях. Некоторые из них:

• Подчинительные союзы. russkiiyazyk.ru Выполняют роль связующего звена между главным и придаточным предложениями. russkiiyazyk.ru Союзы выражают определённый вид смысловых отношений (временные, причинные, целевые, условные, уступительные и другие). russkiiyazyk.ru Примеры: чтобы, пока, будто, как, если, точно, словно, так что, как будто, с тех пор как и другие. russkiiyazyk.ru
• Союзные слова. russkiiyazyk.ru Выполняют функцию связи и являются членом предложения в придаточной части. russkiiyazyk.ru К ним относятся относительные местоимения (кто, что, какой, который, каков, чей, сколько) и относительные местоименные наречия (когда, где, куда, зачем, куда, почему, как). russkiiyazyk.ru
• Указательные слова. multiurok.ru Часто употребляются в главной части сложноподчинённого предложения и указывают на наличие придаточной части. multiurok.ru Примеры: тот, такой, там, туда, оттуда, так, тогда, настолько и другие. multiurok.ru
• Указательное положение придаточного предложения. skysmart.ru blog.tutoronline.ru Придаточное предложение может располагаться перед главным, в середине главного или после него. skysmart.ru blog.tutoronline.ru

Также существует последовательное подчинение, когда одно придаточное зависит от главного, второе — от первого придаточного, третье — от второго и так далее. skysmart.ru