Какие современные подходы используются в молекулярной филогенетике для реконструкции эволюционных связей?

Некоторые современные подходы, которые используются в молекулярной филогенетике для реконструкции эволюционных связей:

• Определение нуклеотидной последовательности отдельных генов или некодирующих участков ДНК и её сравнение у разных организмов. 1 Это позволяет установить конкретные замены нуклеотидов в анализируемом участке ДНК в разных филетических линиях. 1
• Поиск таксонспецифичных семейств повторяющихся последовательностей или отдельных копий известных повторов, общих для ДНК разных видов. 1 Таким образом выявляют соответствие между эволюцией таксонов и появлением и распространением в геномах отдельных генетических элементов и семейств повторов. 1
• Сопоставление протяжённых анонимных участков генома с неизвестными функциями и часто неясной локализацией путём сканирования мутаций по всему геному. 1 Для этого используют разные варианты ПЦР, ПДРФ (полиморфизм длины рестрикционных фрагментов), молекулярную ДНК х ДНК-гибридизацию. 1
• Использование концепции молекулярных часов. 12 Она применяется для оценки времени дивергенции видов и построения филогенетических деревьев. 1 В основу концепции положена модель «нейтральной эволюции», предполагающая стохастическую природу накопления нейтральных мутаций в филетических линиях. 2
• Применение высокопроизводительного секвенирования. 3 С его помощью получают транскриптома организма, что позволяет делать выводы о филогенетических взаимоотношениях с использованием транскриптомных данных. 3

Каждый из этих методов имеет свои преимущества и недостатки, и выбор подхода зависит от типа данных и целей исследования. 5