Некоторые современные методы протеомики, которые используются для изучения белковых профилей в живых организмах:

• Изоэлектрофокусирование (ИЭФ). 1 Разделение белков основано на действии электрического поля в среде, в которой создаётся градиент pH при помощи специальных амфотерных веществ. 1
• Идентификация миросеквенированием. 1 В основе метода лежит определение (расшифровка) части последовательности аминокислот белка. 1 Особенностью метода является возможность работы с очень малым количеством пептидов — вплоть до нанограммов. 1
• Масс-спектрометрия. 14 Метод позволяет установить входящие в состав молекулы атомы, их изотопный состав и структуру расположения, а также определить массу молекулы. 1
• Капиллярный электрофорез. 1 Метод позволяет анализировать сложные смеси с помощью электрокинетических явлений (электромиграции ионов и иных заряженных частиц и электроосмоса), приводящих к их разделению и появлению возможности определения компонентов. 1
• Капиллярное изоэлектрофокусирование. 1 Метод позволяет одновременно получать сведения о молекулярном весе изучаемого пептида и его изоэлектрической точке. 1
• Двумерный электрофорез. 13 Метод позволяет разделить основные известные белки, характерные для данной ткани, выявить наличие известных минорных белков, а также идентифицировать маркерные белки, характеризующие уже известные изменения в этой ткани. 1