Некоторые современные методы, которые применяются для построения филогенетических деревьев:

• Метод UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean). 1 Предполагает равномерную скорость эволюции во всех ветвях дерева. 1 Строит дерево, объединяя пары таксонов с наименьшей генетической дистанцией. 1
• Метод присоединения соседей (Neighbor-Joining). 13 Эффективный метод, который не предполагает равных скоростей эволюции. 1 Он минимизирует общую длину дерева, постепенно объединяя таксоны на основе генетических дистанций. 1
• Метод максимального правдоподобия (Maximum Likelihood). 1 Вычисляет вероятность получения наблюдаемых данных для каждой возможной топологии дерева и выбирает наиболее вероятную. 1
• Байесовский метод. 1 Использует вероятностный подход для оценки филогенетических деревьев на основе априорной информации. 1