Некоторые современные методы, которые применяются для секвенирования микробиоты:

• Метагеномное секвенирование 16S рРНК. 13 При этом методе секвенируется не весь геном, а лишь те его регионы, по которым можно установить родовую и иногда видовую принадлежность микроорганизмов. 1 Чаще всего для амплификации выбирают участки гена 16S рибосомальной РНК (16S рРНК). 1

• Методы секвенирования нового поколения (next-generation sequencing, NGS). 5 Из концентрата исходной пробы выделяется тотальная ДНК и фрагментируется на относительно короткие участки, нуклеотидные последовательности которых «прочитываются» секвенатором. 5 Затем с помощью вычислительных методов короткие последовательности собираются в контиги — более длинные непрерывно прочитанные участки геномов отдельных организмов, составляющих исходное сообщество. 5