Для изучения древних экосистем по ископаемым остаткам используются, например, такие современные методы:

• Палеоэкология. 23 Направлена на реконструкцию древних экосистем и взаимоотношений между организмами. 3 Для воссоздания прошлой среды используются архивные данные, прокси-показатели и хронология. 2
• Морфо-функциональный анализ. 2 Основной метод восстановления образа жизни и условий обитания древних организмов. 2
• Метод руководящих ископаемых. 1 Для определения возраста отложений используются не все организмы, а лишь руководящие. 1
• Статистические палеонтологические методы. 1 Возраст отложений определяется при помощи расчёта процентного содержания общих видов ископаемых при сравнении с данными, принятыми в качестве эталонного. 1
• Палеомагнитные, палеохимические и радиоавтографические методы исследования. 4 Позволяют выяснить особенности прошлых климатов и условий существования, например, солёность и температуру воды, с точностью датировать изучаемые остатки. 4
• Методы растворения окружающей породы. 4 Позволяют восстанавливать даже очень тонкое строение вымерших микроскопических организмов. 4