В подготовке библиотек для секвенирования нового поколения (NGS) используются физические, ферментативные и химические методы фрагментации ДНК. 12

Физические методы основаны на механическом воздействии на молекулы ДНК, что приводит к их разрушению. 1 Некоторые из них:

• Соникация. 25 Ультразвуковое воздействие, разрывающее молекулы ДНК посредством акустических волн. 1 Чтобы получить фрагменты необходимой длины, регулируют интенсивность ультразвука и длительность обработки. 5
• Небулизация. 1 Фрагментация путём пропускания ДНК через мелкие отверстия под высоким давлением. 1
• Гидродинамическая фрагментация. 1 Метод, при котором молекулы ДНК разрушаются в условиях интенсивного потока жидкости. 1

Ферментативные методы основаны на использовании ферментов для направленного разрыва молекул ДНК. 1 Некоторые из них:

• ДНКазы. 1 Ферменты, которые случайным образом разрушают молекулы ДНК. 1
• Транспозазы. 1 Ферменты, которые одновременно фрагментируют ДНК и интегрируют адаптеры для секвенирования. 1

Химический метод относительно прост и доступен, для него используются гидроксильные радикалы, которые нарушают стэкинг-взаимодействия в молекулах ДНК и приводят к разрывам молекулы. 2

Выбор метода фрагментации зависит от задач исследования, особенностей ДНК и доступных ресурсов. 1