Какие современные методы фрагментации ДНК используются в подготовке библиотек для NGS?

В подготовке библиотек для секвенирования нового поколения (NGS) используются физические, ферментативные и химические методы фрагментации ДНК. parseq.pro www.skygen.com

Физические методы основаны на механическом воздействии на молекулы ДНК, что приводит к их разрушению. parseq.pro Некоторые из них:

• Соникация. www.skygen.com nauchforum.ru Ультразвуковое воздействие, разрывающее молекулы ДНК посредством акустических волн. parseq.pro Чтобы получить фрагменты необходимой длины, регулируют интенсивность ультразвука и длительность обработки. nauchforum.ru
• Небулизация. parseq.pro Фрагментация путём пропускания ДНК через мелкие отверстия под высоким давлением. parseq.pro
• Гидродинамическая фрагментация. parseq.pro Метод, при котором молекулы ДНК разрушаются в условиях интенсивного потока жидкости. parseq.pro

Ферментативные методы основаны на использовании ферментов для направленного разрыва молекул ДНК. parseq.pro Некоторые из них:

• ДНКазы. parseq.pro Ферменты, которые случайным образом разрушают молекулы ДНК. parseq.pro
• Транспозазы. parseq.pro Ферменты, которые одновременно фрагментируют ДНК и интегрируют адаптеры для секвенирования. parseq.pro

Химический метод относительно прост и доступен, для него используются гидроксильные радикалы, которые нарушают стэкинг-взаимодействия в молекулах ДНК и приводят к разрывам молекулы. www.skygen.com

Выбор метода фрагментации зависит от задач исследования, особенностей ДНК и доступных ресурсов. parseq.pro