Некоторые современные исследования, которые опровергают гипотезу фагоцитоза происхождения митохондрий, включают:

• Изучение энергетического баланса клетки. 1 Выяснилось, что до появления митохондрий фагоцитоз был энергетически невыгоден клетке. 1 Этот процесс очень энергозатратен: добычу требуется догнать, поймать и переварить. 1
• Палеонтологические исследования. 13 Было установлено, что надёжный фагоцитоз появился в палеонтологической летописи около 1 млрд лет назад. 3 Ближайший общий предок всех современных эукариот (от которого отделились все современные эукариоты) жил примерно 1,6–1,8 млрд лет назад, то есть был уже вполне сформированным эукариотом, не обладавшим фагоцитозом. 3
• Работа Цезаря Аль Джевари и Сандры Балдауф. 2 Учёные предположили, что первые эукариоты могли выглядеть совсем по-другому. 2 По их мнению, первые эукариоты митохондрий не имели, а симбиозов на их эволюционном пути было два. 2

В настоящее время наиболее аргументирована и признана эндосимбиотическая теория происхождения митохондрий. 5