Сходства между естественными и агроэкосистемами заключаются в том, что обе представляют собой сообщества живых организмов, среды их обитания и системы взаимосвязей. 8

Различия между ними заключаются в следующих аспектах:

• Источник энергии. 26 Природные экосистемы получают энергию только от Солнца, а агроэкосистемы используют энергию Солнца и энергию, которую человек затрачивает на обработку почвы, подкормку и прополку растений, защиту от болезней и т. д.. 6
• Видовое разнообразие. 6 В естественных экосистемах видов много, а в агроэкосистемах преобладает один вид растений или животных, культивируемый человеком. 6
• Устойчивость. 6 Природные сообщества характеризуются устойчивостью, которая поддерживается разнообразными взаимосвязями между видами. 6 В агроэкосистемах видов мало, цепи питания в них короткие, неразветвлённые, и поэтому они неустойчивы. 6
• Круговорот веществ. 6 В естественных экосистемах круговорот веществ замкнут: всё органическое вещество, произведённое организмами, проходит через пищевые цепи и превращается в исходные вещества. 6 В агроэкосистемах круговорот не замкнут, так как человек забирает большую часть произведённых живыми организмами веществ. 6