Некоторые редкие виды рыб, которые обитают в Финском заливе:

• Угорь. 15 Проходная и очень редкая рыба. 1
• Голавль. 1 Встречается в районе Петергофа, Стрельны и устья Дудергофского канала. 1
• Радужная форель. 1 Появилась в заливе за счёт побега из ферм. 1
• Кумжа. 37 Все подвиды этой рыбы резко сократили свою численность и внесены в Красную книгу Российской Федерации 2001 года. 7
• Морская минога. 7 Иногда попадаются в устьях рек, чаще всего Нарвы и Луги, а также по северному берегу Выборгского залива. 7
• Морская игла. 7 Встречается в Финском заливе вплоть до Кронштадта и Ломоносова, но здесь редка и обычно попадается после сильных штормов. 7

Ряд редких и исчезающих видов рыб, обитающих в Финском заливе, включён в Красные книги Российской Федерации, Ленинградской области, Санкт-Петербурга, Балтики, Международного союза охраны природы. 4

Причины появления редких видов рыб в Финском заливе могут быть связаны с экологическими проблемами, которые возникают из-за того, что на берегах залива расположились несколько крупных городов и портов, а также после строительства намывных территорий, очистных сооружений и комплекса защитных сооружений Санкт-Петербурга от наводнений. 6

На численность рыб и их видовой состав влияют, например, загрязнение традиционных мест нереста, сокращение кормовой базы и браконьерство. 6