Несколько программ, которые могут использоваться для обработки геномных данных с целью выявления генетических маркеров, связанных с конкретными признаками:

• GenAlEx. 2 Кроссплатформенный пакет для анализа генетико-популяционных данных в виде надстройки к Microsoft Excel. 2 Предлагает анализ кодоминантных, гаплоидных и бинарных генетических локусов и последовательностей ДНК. 2
• Genomenal. 4 Программное обеспечение нового поколения для работы с геномными данными. 4 Поддерживает различные форматы входных файлов: FASTQ, BAM, VCF. 4 Обработка данных происходит в автоматическом режиме, все недочёты выявляются на этапе обработки и демонстрируются пользователю. 4
• GBS-DP. 10 Программа для поиска и анализа однонуклеотидных полиморфизмов на основе данных, полученных генотипированием путём секвенирования. 10 Проводит предварительную обработку данных, поиск полиморфизмов, кластеризацию и построение филогенетического дерева исследуемых образцов на основе обнаруженных полиморфизмов. 10