На стадии органогенеза у разных видов животных происходят различные процессы:

• У хордовых на этом этапе происходит закладка нервной трубки, хорды и кишечной трубки. 1 Вдоль верхней части зародыша часть эктодермы погружается в полость тела и образует нервный желоб (гребень). 1 Края желоба замыкаются, отделяются от эктодермы и превращаются в нервную трубку. 1 Передняя часть её в дальнейшем разрастается и даёт начало головному мозгу, а остальная становится спинным мозгом. 1 Одновременно с верхней стороны энтодермальной трубки отделяется группа клеток, которые покрываются эластичной оболочкой из соединительной ткани и образуют хорду. 1 На её основе в дальнейшем формируется позвоночник. 1
• У позвоночных животных из эктодермы образуются нервная система, органы чувств, покровный эпителий с его железами и производными структурами (волосы, перья, копыта, когти и т. п.). 4 Из энтодермы формируются органы пищеварительной и дыхательной системы: эпителий средней кишки, печень и поджелудочная железа, жабры, лёгкие, плавательный пузырь, а также щитовидная железа. 4 Из мезодермы формируются все виды мышечной и соединительной ткани (например, дерма кожи, тела позвонков), кровеносная система, органы выделения, половые железы. 4