Некоторые проблемы, которые возникают при внедрении цифровой археологии в повседневную практику:

• Сложности с обменом данными между разными геоинформационными системами. 5 Это связано с разными форматами полей таблиц и файлов у различных ГИС. 5
• Дороговизна и сложность коммерческих ГИС. 5 Это делает невозможными быстрое освоение программы и её адаптацию к археологии. 5
• Индивидуальность археологических проектов. 5 Каждый проект индивидуален, что не позволяет заранее создать и запрограммировать универсальные структуры описания археологического материала. 5
• Получение начального массива данных. 5 Либо каждый пользователь готовит его самостоятельно, либо создаётся централизованная система с удалённым доступом, и каждый исследователь получает оттуда только ту учётную информацию, которая ему необходима. 5
• Погрешности при использовании цифровых методов. 2 Сложность технологий создаёт большую погрешность при проведении, документировании и реконструкции археологических исследований. 2
• Этические вопросы. 4 Возникают проблемы конфиденциальности, сохранения и доступа к археологическим данным. 4